臺大證券研究社在組織架構上設有：社長 1 名、副社長 1 名；並依權責關係，將社團社務分由五個部門專責處理：學術部、活動部、公關部、行銷部及秘書部，承社團正副社長協調與調度。

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105學年度社長為 張靜玉，現就讀於國立臺灣大學會計學系二年級。

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各部門設有部長 1 名，依業務需求酌設置副部長1至2名。組織並協調部門幹部與儲備幹部之工作要責。各部門每學期定期召開會議，檢討並修正方針。

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學術部:

目前設有學術部長一名。主要負責社課及營隊課程規劃、講師邀約、舉辦投資相關競賽，以及召集社內研究小組。

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活動部:

目前設有活動部長一名。主要負責辦理期末社員大會、學期中交流活動，以及寒假證券研習營的體驗活動部分。

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公關部:

目前設有公關部長一名，另設有一名副公關部長。主要負責企業參訪、為社內活動尋求贊助，以及和企業溝通尋找合作機會。

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行銷部:

目前設有行銷部長一名，另設有副行銷部長一名。主要負責社內文宣設計、網頁維護，以及活動宣傳。

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秘書部:

目前設有秘書部長一名，另設有副秘書部長一名。主要負責學年度預算規劃、社內財政調節，以及硬體設備租借。